大师姐答疑 | CRISPR screen | 自己也能做CRISPR高通量筛选
2024-03-08实验室里都是one by one研究某一通路的师兄师姐，顶多做个384孔板，就算高通量了。我的课题需要从全基因组范围寻找线索，需要做高通量实验，好想要一位做高通量实验的师姐，带我入门，带我玩耍 ~ ~ ~嘉因生物《高通量实验大师姐答疑活动》**期提问：我需要一位擅长高通量实验的大师姐 | ChIP实验问题请留言**期答疑及第二期提问：ChIP实验成败关键 | 片段化 + 抗体 | 组织样品处...
画泡泡图，发CNS
2024-03-08小伙伴们看了《把Cell爆文的思路、方法用到自己的研究中》都想知道：找到关键转录因子的这个图是怎么画的？Figure S5. Motif Dynamics, Related to Figure 3 (A) Enrichment scores of transcription factor binding motifs for the DHSs in human and mouse embry...
一篇文章学会单细胞ATAC-seq
2024-03-07单细胞ATAC-seq能用于什么研究？单细胞ATAC-seq能发现什么有意思的结果？单细胞ATAC-seq具体实验该怎么操作？下面我们就跟大家分享一下这篇教科书级别的单细胞ATAC-seq文献。细胞特异性基因的表达受到大量顺式调控元件（例如增强子和启动子）和反式调控元件（例如转录因子）的调控。对复杂组织的深入研究，需要单细胞层面的基因调控解析。本文利用单细胞ATAC-seq技术，获得不同类型...
为马老师解惑10x单细胞ATAC技术
2024-03-07 大家都很熟悉常规的转录组测序和单细胞转录组测序，，就是检测特定时空下样品的基因表达量，但对表观领域的新秀ATAC-seq，特别是单细胞ATAC-seq，可能很多人都会或多或少的有些困惑，就像我 这位马老师，开口就问，单细胞ATAC-seq有啥用！我简单的解释了两句，她也不是很清楚，所以就有了这篇推文。很 I 高 I 兴 I 你 I 能 I 来希 I 望 I 你 I 别 I 离 I...
eccDNA常见分析问题解答，你值得拥有
2024-03-070110Q：怎样确保在eccDNA结果中线粒体是消除的？线粒体DNA占genomic DNA占比一般是多少？A:eccDNA里的线粒体是很难完全去除的，只有降低在社会中的比例。在eccDNA试验过程中，利用不同种类核酸内切酶能够对线粒体开展消化吸收。其次，将eccDNA下机信息在审查到参照基因组后，会得到审查到线粒体占比。一般而言，eccDNA测序信息在线粒体里的审查率低于10%。0210Q...
数据告诉你，CUT&Tag的优势在哪里？
2024-03-072019年Henikoff博士点亮了CUT&Tag新星，发展到今天，CUT&Tag早已隐隐有超过或替代ChIP-seq的态势，对研究DNA-蛋白相互影响带来了更高效的专用工具。眼见为实，事实胜于雄辩信息来源文章内容：CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells样版信息内容：人 K562...
ATAC-seq差异分析方法怎么选？
2024-03-07文章标题：Comparison of differential accessibility analysis strategies for ATAC-seq data发表期刊：Scientific Reports影响因子：3.998 (2019)研究背景哺乳动物基因组中的基因调控涉及到不同类型的调控原件，诸如启动子、增强子和绝缘子。据估计在人类和小鼠基因组中有超过两百万调控原件，并且这些调控...