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化学法检测是利用化合物，例如亚硫酸氢盐（Bisulfite，BS）处理RNA，在单碱基水平对RNA修饰进行检测。常用来检测m5C（Bisulfite-seq）和Ψ（BID-seq）。 Bisulfite-seq 原理是BS处理后未甲基化的C会被转变成U，而发生甲基化的C不发生改变，通过对处理后的RNA进行建库测序分析，进而对RNA上的m5C位点进行检测。 BID-seq原理是BS处理后， Ψ...

RNA上已经报道了超过170种RNA修饰，这些修饰影响着RNA的合成，转运，功能和代谢，进而调节细胞功能。近年来，包括m6A,m7G,ac4C,m5C 等在内的RNA修饰成为生命科学的研究热点。IP法检测RNA修饰是利用特异性抗体的免疫共沉淀，得到带有修饰的RNA片段，然后对目标片段进行建库测序。该方法常用于 m6A,m7G和ac4C检测。